В качестве основы данной методологии представляется схема процесса научного исследования в психологии. Она может трансформироваться в схему соотношения теории и метода в психологии, которую предлагается сделать базовой для построения когнитивной методологии. Схема включает предмет психологии, предполагающий его различную трактовку, а также основные категории (предмет, проблема, метод, факт, теория, объяснение), что позволяет исследовать их взаимосвязь. В схеме присутствует также компонент, предтеории (неявные, часто неосознаваемые исследователем представления). Выявление реальных составляющих предтеории позволяет существенно прояснить позицию исследователя, что оказывает неоценимую помощь в сопоставлении различных подходов и теорий.